Nos casos de falta do arquivo XML — da NFe — as consequências podem ser mais sérias do que a simples aplicação de multa, veja abaixo algumas considerações:

Antes de qualquer análise é importante reforçar o seguinte conceito:

O XML É A PRÓPRIA NFe/NFCe E O FISCO DETERMINA QUE A RESPONSABILIDADE DE GUARDAR A NF CABE AO CONTRIBUINTE.

ASSIM, SE VOCÊ NÃO POSSUI O XML VÁLIDO (ASSINADO E AUTORIZADO PELO FISCO), VOCÊ NÃO POSSUI A NF!

As consequências disso podem ser diversas e não se pode determinar um único valor de multa, pois as penalidades variam para cada caso e de acordo com o entendimento do fiscal.

Inclusive, depende do órgão que efetuou a autuação, que pode ser feita, por exemplo, pela Receita Federal ou Secretaria da Fazenda de cada Estado, e cada Estado possui legislações diferentes e consequentemente diferentes penalidades, com foco em tributos diferentes.

Por exemplo, o fiscal pode desconsiderar (Glosar) os créditos de ICMS, IPI, Pis e Cofins tomados, se você não possuir a NFe (XML) que comprove a operação. Pode ainda desconsiderar estes registros como Despesas lançadas na apuração do IR e CSLL. A consequência poderia ser o recolhimento destes tributos com multa e juros.

As consequências, dependendo do caso, podem não se restringir somente a penalidade financeira, mas pode ocasionar prisão dos responsáveis.

Veja o que diz a Lei de Crime Contra a Ordem Tributária (Lei nº 8.137 de 27.12.1990):

O que caracteriza o Crime Contra a Ordem Tributária:

I – omitir informação, ou prestar declaração falsa às autoridades fazendárias;

II – fraudar a fiscalização tributária, inserindo elementos inexatos, ou omitindo operação de qualquer natureza, em documento ou livro exigido pela lei fiscal;

III – falsificar ou alterar nota fiscal, fatura, duplicata, nota de venda, ou qualquer outro documento relativo à operação tributável;

IV – elaborar, distribuir, fornecer, emitir ou utilizar documento que saiba ou deva saber falso ou inexato;

V – negar ou deixar de fornecer, quando obrigatório, nota fiscal ou documento equivalente, relativa a venda de mercadoria ou prestação de serviço, efetivamente realizada, ou fornecê-la em desacordo com a legislação.

OBS: A falta de atendimento da exigência da autoridade, no prazo de 10 dias pode caracterizar este item.

Consequência do Crime Contra a Ordem Tributária:

Pena – reclusão, de 2 (dois) a 5 (cinco) anos, e multa.

Os exemplos citados acima não encerram as possíveis consequências, pois estas podem ser mais amplas.

Assim, a falta de documentos fiscais como o XML válido da Nota Fiscal, que comprovem as operações registradas nos livros fiscais e na contabilidade, podem trazer consequências sérias, dependendo de cada caso e da interpretação da fiscalização.

http://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/perguntasFrequentes.aspx?tipoConteudo=lWG+ydeHRQg=